de.mpg.biochem.mars.molecule

Interface MoleculeArchiveIndex<M extends Molecule,I extends MarsMetadata>

All Superinterfaces:

JsonConvertibleRecord

All Known Implementing Classes:

AbstractMoleculeArchiveIndex, DefaultMoleculeArchiveIndex, DnaMoleculeArchiveIndex, ObjectArchiveIndex, SingleMoleculeArchiveIndex

public interface MoleculeArchiveIndex<M extends Molecule,I extends MarsMetadata>
extends JsonConvertibleRecord

Method Summary

Modifier and Type	Method and Description
void	addMetadata(I metadata)
void	addMolecule(M molecule)
boolean	containsMetadataUID(java.lang.String metadataUID)
boolean	containsMoleculeUID(java.lang.String UID)
java.lang.String	getMetadataUIDforMolecule(java.lang.String UID)
java.util.concurrent.ConcurrentSkipListSet<java.lang.String>	getMetadataUIDSet()
java.util.Map<java.lang.String,java.util.Set<java.lang.String>>	getMetadataUIDtoTagListMap()
java.util.concurrent.ConcurrentSkipListSet<java.lang.String>	getMoleculeUIDSet()
java.util.Map<java.lang.String,java.lang.Integer>	getMoleculeUIDtoChannelMap()
java.util.Map<java.lang.String,java.lang.Integer>	getMoleculeUIDtoImageMap()
java.util.Map<java.lang.String,java.lang.String>	getMoleculeUIDtoMetadataUIDMap()
java.util.Map<java.lang.String,java.util.Set<java.lang.String>>	getMoleculeUIDtoTagListMap()
void	removeMetadata(I metadata)
void	removeMetadata(java.lang.String metadataUID)
void	removeMolecule(M molecule)
void	removeMolecule(java.lang.String UID)

Methods inherited from interface de.mpg.biochem.mars.molecule.JsonConvertibleRecord

dumpJSON, fromJSON, getJsonGenerator, getJsonParser, setJsonField, setShowWarnings, toJSON

Method Detail

addMolecule

void addMolecule(M molecule)

removeMolecule

void removeMolecule(M molecule)

removeMolecule

void removeMolecule(java.lang.String UID)

addMetadata

void addMetadata(I metadata)

removeMetadata

void removeMetadata(I metadata)

removeMetadata

void removeMetadata(java.lang.String metadataUID)

containsMoleculeUID

boolean containsMoleculeUID(java.lang.String UID)

containsMetadataUID

boolean containsMetadataUID(java.lang.String metadataUID)

getMoleculeUIDSet

java.util.concurrent.ConcurrentSkipListSet<java.lang.String> getMoleculeUIDSet()

getMetadataUIDSet

java.util.concurrent.ConcurrentSkipListSet<java.lang.String> getMetadataUIDSet()

getMetadataUIDtoTagListMap

java.util.Map<java.lang.String,java.util.Set<java.lang.String>> getMetadataUIDtoTagListMap()

getMoleculeUIDtoTagListMap

java.util.Map<java.lang.String,java.util.Set<java.lang.String>> getMoleculeUIDtoTagListMap()

getMoleculeUIDtoImageMap

java.util.Map<java.lang.String,java.lang.Integer> getMoleculeUIDtoImageMap()

getMoleculeUIDtoChannelMap

java.util.Map<java.lang.String,java.lang.Integer> getMoleculeUIDtoChannelMap()

getMoleculeUIDtoMetadataUIDMap

java.util.Map<java.lang.String,java.lang.String> getMoleculeUIDtoMetadataUIDMap()

getMetadataUIDforMolecule

java.lang.String getMetadataUIDforMolecule(java.lang.String UID)